Az autoimmun betegség tünetei jelentkezhetnek napokig tartó lázzal, a fáradékonysággal, az izomlázhoz hasonlító fájdalommal, ízületek megdagadásával vagy hajhullással.

A tünetek sokrétűségéből is lehet következtetni arra, hogy az autoimmun betegség típusai milyen nagyszámúak. Manapság több mint 80 különféle típusról tudunk, ezek közül sok maradandó fogyatékosság és akár halált is előidézhet. Az autoimmun betegségek sokfajta gyógymódja egyben azonos: manapság csak a tünetek gyógyítása lehetséges, az előidéző okot még nem lehet gyógyítani. A terápia legtöbbször súlyos mellékhatásokkal jár együtt, mert lényege az immunszupresszió, vagyis az immunrendszer elnyomása.